О смерти Novell - смелое утверждение. Значит на
http://www.novell.com/russia/ приведения живут?

Полюбопытствовали бы, к примеру, насчет OES. Доля рынка - другой вопрос.
По теме:
1. На существующие NetWare-сервера настоятельно рекомендовал бы последний SP. Новый сервер хорошо ставить с overlay-CD (это с интегрированным SP - не знаю, есть ли для 5.0, для 5.1 точно есть), ну и драйверами запастись - они чаще есть. Документацию, опять же, почитать крайне желательно.
2. Если хочется более новую версию NW (тут встает вопрос с наличием лицензий - они отличаются для разных версий), читать документацию на предмет требований к версии NDS в дереве, возможно придется обновить NDS на существующих серверах. Некоторые проблемы возможны - но они решаемые и, как правило, все процедуры неплохо документированы.
3. Разумность переезда на новое дерево - зависит от того, как спроектировано старое. Иногда проще все переделать

Оценивайте затраты.